Seit Windows Vista?, spätestens seit Win7 wird doch diese 100MB Startpartition angelegt. Auf der sind auch die Informationen zum Booten und auch die Bootmanager abgelegt. Konnte man umgehen, indem man die Partitionen vorher angelegt hat und dann bei der Installation beibehalten hat. Dann werden diese Informationen meines Wissens auf die erste primäre Partition gelegt. Nun kommen seit Windows 10 auch noch die automatischen Updates dazu. Da weiß man nicht, was Windows anstellt. Ich könnte mir gut vorstellen, das genau das dein Problem verursacht.
Ich versuche zur Zeit, mit Linux warm zu werden. Wer weiß, was Win10 noch alles bringt. Vielleicht kommt irgendwann bei mir der komplette Richtungswechsel. Mein Desktop und mein Lenovo NB bleiben solange es geht, bei Win7.

michl